Hvis prosjektet går over flere år, må du levere årsrapport. Leveringsfristen er 1. mars året etter første godkjenningsår, og hvert år etter det. Alle prosjekter skal også sende inn en sluttrapport når godkjenningsperioden i SkatteFUNN er over, og senest innen 1. mars året etter siste godkjenningsår. Sluttrapporten skal dekke hele prosjektperioden, og oppsummere hvilke aktiviteter dere har gjennomført, hvilke mål dere har nådd og hva som eventuelt gjenstår i prosjektet.